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Molecular Dynamics

Prof. Martin Zacharias

Research Field

The function of proteins and nucleic acids in living systems is strongly coupled to the molecular motion and dynamics of these biomolecules. Our group uses computer simulation methods to study the structure, function and dynamics of biomolecules. Our goal is to better understand structure formation processes and to elucidate the mechanism of ligand-receptor association in atomic detail. As the main computational technique we employ Molecular Dynamics simulations based on a classical force field to follow molecular motions including the surrounding solvent and ions. This allows us to extract thermodynamic and kinetic properties of the biomolecular system using methods of statistical mechanics. We also develop computational docking approaches to predict how proteins interact with other proteins or RNA and DNA molecules or how small drug-like compounds bind to biomolecular targets.


Ernst-Otto-Fischer-Straße 8/I
85748 Garching b. München
+49 89 289 12393
Fax: +49 89 289 12444

Members of the Research Group





Other Staff


Course with Participations of Group Members

Titel und Modulzuordnung
Zuordnung zu Modulen:
VO 4 Bausch, A. Zacharias, M. Di, 10:00–11:30, PH HS3
Di, 12:30–14:00, PH HS3
Do, 10:00–12:00, PH HS3
Do, 14:00–16:00, PH HS3
Elementary Processes in Molecular Systems
Zuordnung zu Modulen:
VO 2 Scherer, P. Do, 12:00–14:00, PH 2271
Molecular Dynamics Simulations: from Principles to Application
Zuordnung zu Modulen:
VO 2 Reif, M. Zacharias, M. Mo, 10:00–12:00, PH II 227
Bachelorseminar zur Biophysik
Zuordnung zu Modulen:
PS 2 Bausch, A. Zacharias, M. Fr, 14:00–15:30, CPA EG.006A
Seminar zu aktuellen Themen der molekularen Biophysik
Zuordnung zu Modulen:
HS 2 Zacharias, M. einzelne oder verschobene Termine
Exercise to Molecular Dynamics Simulations: from Principles to Application
Zuordnung zu Modulen:
UE 2 Reif, M.
Leitung/Koordination: Zacharias, M.
Termine in Gruppen
Übung zu Elementare Prozesse in molekularen Systemen
Zuordnung zu Modulen:
UE 2 Scherer, P. Termine in Gruppen
Biomolecular Systems
Zuordnung zu Modulen:
SE 2 Gerland, U. Simmel, F. Zacharias, M.
FOPRA Experiment 74: Molecular Dynamics (AEP, BIO)
LV-Unterlagen aktuelle Informationen
Zuordnung zu Modulen:
PR 1 Chen, S.
Leitung/Koordination: Zacharias, M.
Mentoring-Programm im Bachelorstudiengang Physik
Zuordnung zu Modulen:
KO 0.2 Zacharias, M.

Offers for Theses in the Group

Free energy calculation of protein-ligand binding

Mit Hilfe von Moleküldynamiksimulationen sollen freie Energien der Bindung von einem Liganden an ein Enzymmolekül berechnet werden. Der Ligand hemmt die Aktivität des Enzyms durch Bindung an die aktive Tasche des Enzyms. Durch Simulationsstudien kann der Einfluss einzelner chemischer Gruppen auf die Bindeaffinität (=Stärke der Bindung) des Liganden untersucht werden. Ziel der Simulationsstudien ist es, die Bedeutung einzelner chemischer Gruppen für die Bindeaffinität zu analysieren und mögliche Wege zu Erhöhung der Affinität aufzuzeigen.

suitable as
  • Bachelor’s Thesis Physics
Supervisor: Martin Zacharias
Refinement of protein-peptide complexes using replica exchange with repulsive scaling
The protein-peptide binding plays a major role for many cellular processes. The prediction how peptides interact with partner proteins is still an unsolved problem. In this BSc thesis a new method for improved sampling in Molecular Dynamics simulations will be used and tested on predicting the structure of protein-peptide complexes. The thesis gives important insights into molecular interactions but also in computer simulation methododologies.
suitable as
  • Bachelor’s Thesis Physics
Supervisor: Martin Zacharias

Current and Finished Theses in the Group

Berechnung der freien Energie der Ligand-Protein-Bindung
Abschlussarbeit im Bachelorstudiengang Physik
Themensteller(in): Martin Zacharias
An Attempt on Predicting the Amyloid Structure Solely Based on the Amino Acid Sequence
Abschlussarbeit im Masterstudiengang Physik (Biophysik)
Themensteller(in): Martin Zacharias
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