Prof. Dr. Martin Zacharias

Lehrveranstaltungen und Termine

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Berechnung der Bindeaffinität von Liganden an ein Protein durch Computersimulation

Mit Hilfe von Moleküldynamiksimulationen sollen freie Energien der Bindung von einem Liganden an ein Enzymmolekül berechnet werden. Der Ligand hemmt die Aktivität des Enzyms durch Bindung an die aktive Tasche des Enzyms. Durch Simulationsstudien kann der Einfluss einzelner chemischer Gruppen auf die Bindeaffinität (=Stärke der Bindung) des Liganden untersucht werden. Ziel der Simulationsstudien ist es, die Bedeutung einzelner chemischer Gruppen für die Bindeaffinität zu analysieren und mögliche Wege zu Erhöhung der Affinität aufzuzeigen.

geeignet als

• Bachelorarbeit Physik

Themensteller(in): Martin Zacharias

Spezifität der Protein-DNA-Bindung durch Freie-Energie-Simulationen

Regulatorische Proteine können ganz bestimmte Abschnitte einer DNA mit hoher Affinität binden. Der molekulare Mechanismus, wie die hohe Affinität und gleichzeitig Spezifität für bestimmte DNA-Sequenzen erreicht wird, ist noch immer nicht genau verstanden. Mit Hilfe von Computersimulationen sollen die Spezifität der Protein-DNA-Wechselwirkung an einem Modellsystem untersucht werden. Dabei kommen Methoden der Berechnung von Änderungen der freien Energie der Bindung zum Einsatz. Die Simulationen erlauben die Analyse der auftretenden molekularen Kräfte und Energiebeiträge zur Bindung. Die Arbeit erfordert Interesse an statistischer Mechanik und der Verwendung von Simulationsmethoden am Computer.

geeignet als

• Bachelorarbeit Physik

Themensteller(in): Martin Zacharias