Prof. Dr. Martin Zacharias

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Offered Bachelor’s or Master’s Theses Topics

Berechnung der freien Energie der Ligand-Protein-Bindung

Mit Hilfe von Moleküldynamiksimulationen sollen freie Energien der Bindung von einem Liganden an ein Enzymmolekül berechnet werden. Der Ligand hemmt die Aktivität des Enzyms durch Bindung an die aktive Tasche des Enzyms. Durch Simulationsstudien kann der Einfluss einzelner chemischer Gruppen auf die Bindeaffinität (=Stärke der Bindung) des Liganden untersucht werden. Ziel der Simulationsstudien ist es, die Bedeutung einzelner chemischer Gruppen für die Bindeaffinität zu analysieren und mögliche Wege zu Erhöhung der Affinität aufzuzeigen.

suitable as

• Bachelor’s Thesis Physics

Supervisor: Martin Zacharias

Refinement of protein-peptide complexes using replica exchange with repulsive scaling

The protein-peptide binding plays a major role for many cellular processes. The prediction how peptides interact with partner proteins is still an unsolved problem. In this BSc thesis a new method for improved sampling in Molecular Dynamics simulations will be used and tested on predicting the structure of protein-peptide complexes. The thesis gives important insights into molecular interactions but also in computer simulation methododologies.

suitable as

• Bachelor’s Thesis Physics

Supervisor: Martin Zacharias