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Proteomics: Analytical Basics and Biomedical Applications

Module WZ2439

This Module is offered by Chair of Bioanalytics (Prof. Küster).

This module handbook serves to describe contents, learning outcome, methods and examination type as well as linking to current dates for courses and module examination in the respective sections.

Module version of SS 2012 (current)

There are historic module descriptions of this module. A module description is valid until replaced by a newer one.

available module versions
SS 2012WS 2011/2

Basic Information

WZ2439 is a semester module in German or English language at Master’s level which is offered every semester.

This Module is included in the following catalogues within the study programs in physics.

  • Focus Area Bio-Sensors in M.Sc. Biomedical Engineering and Medical Physics
Total workloadContact hoursCredits (ECTS)
180 h 75 h 6 CP

Content, Learning Outcome and Preconditions

Content

In der Vorlesung werden die theoretischen Grundlagen der Proteomanalytik gelegt.
Diese umfassen die Theorie der Chromatographie und der Massenspektrometrie sowie
die wichtigsten Arten chromatographischer Trennungen und massenspektrometrischer
Peptidsequenzierung und Quantifizierung.
Die Übungsthemen erfassen insbesondere: Sequenzierung von Peptiden mittels LC-M/MS,
Spektreninterpretation, Datenbanksuchen und Internetrecherchen.
Der Inhalt wird laufend aktualisiert, entsprechend der aktuellsten Entwicklungen aus dem Bereich der
Proteomforschung.

Learning Outcome

Nach Teilnahme an der Modulveranstaltung kennen die Studierenden die methodischen Grundlagen der Proteomik (z.B. Probenaufbereitung, Protein- und Peptidfraktionierung, Massenspektrometrie, Proteinidentifikation und –quantifizierung, Datenanalyse) und verstehen die theoretischen Hintergründe sowie den Anwendungsbereich der jeweiligen Methoden. Sie sind in der Lage, überwiegend selbständig mit den Methoden der Proteomik (z.B. verschiedene chromatographische Methoden, massenspektrometrische Methoden, Quantifizierungsstrategien, Datenqualitätsprüfung und -auswertung) zu arbeiten und Antworten auf biologische oder medizinische Fragestellungen zu entwickeln (z.B. Analyse von posttranslationalen Modifikationen, Identifikation von Biomarkern, Analyse von Protein-Protein und Protein-Wirkstoff Interaktionen), um damit beispielsweise den Wirkmechanismus von Therapeutika im humanen Proteom aufzuklären. Die Studierenden können Experimente zur quantitativen und qualitativen Erfassung des Proteoms konzipieren und die Ergebnisse vor dem experimentellen Hintergrund bewerten. Sie können wissenschaftliche Fragestellungen präzise zusammenfassen, darstellen und erklären.

Preconditions

Erfolgter BSc Abschluss

Courses, Learning and Teaching Methods and Literature

Courses and Schedule

TypeSWSTitleLecturer(s)Dates
VO 2 Proteomcis – analytical basics and biomedical applications Tue, 10:15–11:45, 059
Tue, 10:15–11:45, DG 01
UE 3 Proteomics Practical Course Mon, 09:00–16:00, EG L 12

Learning and Teaching Methods

Lehrtechnik: Vorlesung, Übung und Praktikum;
Lernaktivitäten: Bearbeiten von proteomanalytischen Fragestellungen und deren Lösungsfindung;
Üben von labortechnischen Fertigkeiten; Zusammenarbeit in Zweiergruppen; Konstruktives
Diskutieren und Kritisieren eigener Experimente; Lehrmethode: Fragend-entwickelnde Methode
In den Übungen (Intensivkurs) werden die in der Vorlesung erarbeiteten Inhalte in die Praxis
umgesetzt. Die Übung soll praxisorientierte Einblicke zur Lösung proteomanalytischer Fragestellungen
geben.
Ein wesentlicher Aspekt der Übung besteht darin, dass die Studierenden u.a. ausgehend von
vorgegebenen Fragen 7-8 Experimente in Eigenregie konzipieren, durchführen und bewerten. Dabei
gewinnen Sie einen Eindruck für die Komplexität auch einfach erscheinender Versuchsprotokolle.
Ausschließlich in den Übungen haben die Studierenden die Möglichkeit zum Arbeiten mit spezifischer
Software aus dem Bereich der Proteomik und damit zur Erweiterung ihrer fachspezifischen
Kompetenz.

Media

Übungsblätter, Tafelarbeit, PowerPoint

Literature

aktuelle Literatur zu den spezifischen Themen; überwiegend von Studierenden zu recherchieren

Module Exam

Description of exams and course work

Prüfungsart und -dauer (in min.): Klausur 90 min.
Die Prüfungsleistung für das Modul wird durch eine Klausur und eine Präsentation nachgewiesen.
In der Klausur wird geprüft, dass die Studierenden die theoretischen Grundlagen beherrschen und in
der Lage sind, Antworten auf biologische Fragestellungen auf Basis des Methodenspektrums der
Proteomik zu entwickeln und die Ergebnisse vor dem experimentellen Hintergrund zu werten.
Die Präsentation wird aus einer der Übungsaufgaben in Gruppen mit 2-3 Teilnehmern entwickelt,
wobei die einzelnen Gruppen unterschiedliche Aufgaben erhalten. Jede Gruppe stellt ihre im Kurs erarbeiteten Lösungswege für die gestellte
Aufgabe und die zugehörigen Resultate vor. Dabei zeigen die Studierenden, dass Sie in der Lage
sind, wesentliche Aspekte ihrer neuerworbenen Fertigkeiten und Strategien strukturiert und
reflektiert darzustellen. Sie müssen die Anwendung der notwendigen Methoden kurz erläutern und im
Kontext der Fragestellung diskutieren. In die Bewertung fließen neben dem Inhalt auch formale
Aspekte der Präsentation ein.
Die Klausur und die Präsentation werden im Verhältnis 3 (Klausur) zu 2 (Präsentation) gewichtet. Das
Modul ist bestanden, wenn das gewichtete Mittel besser als 4,09 ist.

Exam Repetition

There is a possibility to take the exam in the following semester.

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